Filip IV wstąpił na tron dnia 31 maja 1621 r., i natychmiast rozkazał generalnemu inkwizytorowi Aliadze, aby złożył swój urząd, który powierzono don Andrzejowi Pachece, arcybiskupowi i radcy stanu. Inkwizycja pragnąc na swój sposób uczcić wstąpienie Filipa IV, ofiarowała mu godne ubawić go widowisko auto-da-fe obchodzono przez ukaranie na nim Maryi od Niepokalanego Poczęcia, dewotki i sławnej jeszcze za poprzednich rządów obłudnicy. Kobieta ta oszukiwała naprzód wielu ludzi swoimi objawieniami, udaną świętobliwością, częstemu przyjmowaniem Najświętszego Sakramentu i licznymi zachwytami. Na koniec puściła się na najwyuzdańszą rozpustę ze swoimi spowiednikami i innymi księżmi; obwiniano ją o zmowę z szatanem, o -wpadnięcie w herezję wszelkich sekt w materializm i ateizm. Na auto-da-fe ukazała się w całkowitemu san-benito, z mitrą na głowie i kneblem w ustach; kaci zadali jej dwieście razów biczem, po czem zamknięto ją na całe życie w więzieniu. Przyznajemy, że jeżeliby można pochwalić istnienie trybunałów podobnych świętemu oficjum, to chyba w razie gdyby do nich należało karanie fałszywych świętoszków i hipokrytów, którzy więcej złego wyrządzili katolickiej religii, niż wszyscy dawni i nowi heretycy.
Zaraz po swojej instalacji dziewiętnasty inkwizytor generalny, Pacheco, rozpoczął instrukcję procesu swojego poprzednika Aliagi, którego obwiniono o robienie projektów tchnących jakoby materializmem i luteranizmem. Proces ten nie skończył się, bo ex-inkwizytor umarł w ciągu instrukcji sprawy. Prześladowanie to zawdzięczał Aliaga kilku intrygantom, którzy zwodzili króla; ale za życia sam był bardzo nikczemnym i przebiegłym intrygantem, więc go nikt nie żałował. Umarł nielubiony, chociaż od lat już pięciu nie był inkwizytorem.
Lubo inkwizytorowie nie mogli być sroższymi za rządów Pacheki niż za poprzednich, jednakże byli jeszcze zuchwalsi. W r. 1622 inkwizytorowie Murcyi zostający w nieporozumieniu z sędzią de Lorca, nie mogąc go aresztować, z powodu odmowy korregidora Murcyi, rzucili ekskomunikę na biskupa i położyli interdykt na wszystkich kościołach tego miasta. Biskup ogłosił ludowi, że nie jest obowiązany ulegać temu interdyktowi, a inkwizytorowie skazali go na grubą karę pieniężną i wezwali do stawienia się przed generalnym inkwizytorem w Madrycie. Kilku kanoników kapituły w Murcyi i kilku plebanów zamknięto w więzieniach świętego oficjum z powodu tej sprawy.
Król i papież wdali się w nią, aby zapobiec skandalowi, a biskupowi przywrócono jego prawa; ale ten akt sprawiedliwości nie zniszczył przyczyny złego, na które się użalano. Tegoż roku inkwizytorowie w Toledzie ex-komunikowali podprefekta tego miasta, za pojmanie i osądzenie rzeźnika przekonanego o sprzedawanie na fałszywą wagę. Ponieważ ten rzeźnik dostarczał mięsa dla świętego oficjum, sądzili, iż nie można go prześladować. Skutkiem rozdrażnienia inkwizytorów, nędzny ten interes stał się bardzo ważnym. Wdał się w to naród i powstał przeciw inkwizycji. Rozruchy ustały dopiero wówczas, gdy król utworzył nadzwyczajną komisję, obowiązaną przedsięwziąć środki przeciw inkwizytorom.
Postanowienia te wywarły tylko chwilowy skutek, bo następnego roku święte oficjum w Grenadzie dopuściło się nowych nadużyć. Eskomunikowano sędziego i prokuratora izby królewskiej tego miasta, z powodu dwóch wybornych dzieł, które ci prawnicy ogłosili i w których bronili praw królewskiej jurysdykcji przeciw przywłaszczeniom inkwizycji. Dla zapobieżenia tym nadużyciom, ustanowiono komitet kompetencyjnym zwany, mający rozstrzygać wszelkie trudności, jakie zajdą między inkwizycją a władzami celnymi; ale wkrótce inkwizytorowie wywołali zniesienie tego komitetu.
Gdy się to dzieje w Murcyi i Grenadzie oraz we wszystkich prawie innych inkwizycjach królestwa, generalny inkwizytor Pacheco kazał ścigać w Madrycie hrabiego de Francos, nauczyciela Karola II. Pan ten napisał był kilka traktatów o polityce, w których bronił praw i niezawisłości monarchów względem pośredniej władzy papieża, wobec nadużyć rzymskiego dworu, wobec duchownych sędziów świętego oficjum. Generalny inkwizytor mocno go prześladował za te broszury, i gdyby Filip IV nie był wystąpił w jego obronie, hrabia dc Francos byłby aresztowany i wtrącony do więzień świętego oficjum.
Koniec zarządu Pacheki odznaczył się przez generalne auto-da-fe obchodzone w mieście Kor-dubie, gdzie wystąpiło osiemdziesięciu skazanych, nie licząc zwłok jedenastu ofiar zmarłych w więzieniach z nędzy, męczarń i rozpaczy.
Pacheco umarł dnia 7 kwietnia 1626 roku. Był naczelnikiem świętego oficjum przez lat cztery i kazał spalić w ogóle 256 osób, 128 w wyobrażeniach, a 1,280 skazał na rozmaite kary, co przedstawia^ razem liczbę 1664 ofiar.
Don Antoni de Zapata y Mendoza, kardynał arcybiskup z Burgosu, patriarcha Indii, był dwudziestym generalnym inkwizytorem w Hiszpanii. Objął urząd w początku 1627 roku. Wkrótce potem świętemu oficjum w Madrycie wypadło zająć się sprawą równie ciekawą jak śmieszną.
Trzydzieści zakonnic uchodzących za cnotliwe, żyło razem w jednym klasztorze tego miasta, który cieszył się jak najlepszą opinią. Z nagła kilka z nich znalazło się w nadnaturalnym stanie. Zaraza prędko się rozkrzewiła, i z trzydziestu, dwadzieścia pięć dostało jakiegoś szaleństwa; z tego powodu popełniały nadzwyczajne rzeczy. Uznano, że zostały opętane przez szatana, a spowiednik ich często pozostawał w klasztorze po całych nocach i egzorcyzmował je. Trudno wyobrazić sobie należycie, co się musiało dziać pośród gromady kobiet zamkniętych w jednym i tym samym domu, z dwudziestu pięciu szatanami, którzy zawładnęli ich ciałem, a może nieprzyzwoicie byłoby podnosić zasłonę pokrywającą prawdę.
Inkwizycja uwiadomiona o tym co zaszło w owym klasztorze, kazała przyaresztować spowiednika, przełożoną i kilka zakonnic, i zamierzała wytoczyć im proces, jako heretykom iluminatom. Spowiednika i zakonnice silnie obwiniano, że wpadli w herezję allumbrados i skazano na rozmaite pokuty. Odbyto narady nad stanem tych dziewic i wielka liczba mędrców owego wieku zaopiniowała, że rzeczywiście upętal je diabeł. Spowiednik zapewne wiedział o tym więcej niż owi mędrcy. Pozbywszy się opętanych, inkwizycją zabrała się do ścigania allumbradosów, których sekta krzewiła się niejako w Hiszpanii; i widziano mnóstwo tych sekciarzy figurujących na auto-da-fe, które wyprawiono w owej epoce, głównie na sewilskiem, odbytem w roku 1630, na które spalono tuzin illuminatów, a przeszło pięćdziesięciu skazano na pokutę jako podejrzanych.
Tegoż roku generalny inkwizytor Zapata ogłosił nowy indeks zabronionych książek. W indeksie tym pomieszczono nie tylko dzieła podejrzane o herezję, lecz i wiele innych drukowanych w Hiszpanii, które głównie pisali prawnicy Selgado i Seza, w których bronili władzy świeckiej i jurysdykcji królewskiej przeciw przywłaszczeniom świętego oficjum.
W tej także epoce, kilku jezuitów, a szczególnie Jan Chrzciciel Poza, zatrudnili swoimi pismami inkwizycję Hiszpanii, a nawet i Rzymu. Poza bronił pretensji swoich współbraci; inkwizycja rzymska potępiła jego dzieła. Nieprzyjaciele jezuitów pragnęli, aby i hiszpańska uczyniła to samo; lecz obawa niepodobania się księciu 01ivaresowi, który był wszechwładnym i silnie protegował uczniów Loyoli, długo jej w tym względzie przeszkadzała. Ody wkrótce potem książę 01ivares umarł, inkwizycja hiszpańska nie wahała się zakazać dzieła jezuitów, a samemu Pozie nakazano wyprzeć się herezji, które jakoby dostrzegano w jego nauce. Religia katolicka służyła tylko za pozór do wszystkich tych skandalicznych rozpraw, a rzeczywistą ich przyczyną była własna miłość inkwizytorów i jezuitów; obie zatem strony dopuszczały się tern gwałtowniejszych ekscesów, że każda dbała raczej o interes osobisty, niż o obronę interesów wiary.
Inne zatargi dotyczące pierwszeństwa zajęły resztę czasu i zarządu Zapaty. W roku 1632 złożył on urząd generalnego inkwizytora, po sprawowaniu go przez lat sześć. Przez ten czas spalono w Hiszpanii 384 osób żywych, 192 in effigio i 1,920 skazano na kary; w ogóle 2,496 potępionych.
Don Fr. Antonide Sotomayor, dominikanin i spowiednik króla, zajął miejsce Zapaty dnia 17 lipca 1632 roku.
Ten dwudziesty pierwszy inkwizytor generalny wystąpił na początku swojego zarządu ofiarowaniem królowi wielkiego auto-da-fe, na którym znajdował się Filip IV w towarzystwie całej swojej królewskiej rodziny i całego dworu. Obrząd ten jednak nie był jednym z najbardziej zajmujących, bo spalono na nim tylko siedmiu biednych heretyków, urodzonych z rodziców Portugalczyków żydowskiego pochodzenia.
Inaczej się stało z drugim wielkim auto-da-fe wyprawionemu w Valladolidzie 1636 roku, ponieważ niezależnie od nieszczęśliwych wrzuconych w płomienie, widziano tam dziesięciu heretyków judaizmujących, którym święte oficjum wymierzyło zupełnie nową karę: przybito im jedną rękę do wielkiego drewnianego krzyża i w takiemu położeniu wysłuchali w pośród auto-da-fe raportu i wyroku, skazującego ich na wieczne więzienie. Jedna świętoszka ukazała się także na tej egzekucji. Kobieta
ta od dawna udająca świętą, miewająca objawienia, była to rozpustnica, oddająca się najwyuzdańszemu postępowaniu i złe prowadzenie się ukrywająca pod pozorem największej pobożności. Częstokroć widywano w Hiszpanii podobnego rodzaju obłudnice, a prawie zawsze wspólnikami ich byli mnisi.
Miasto Lima stolica Peru, którego inkwizycja zależała od hiszpańskiej, miewało także swoje auto-da-fe za zarządu Sotomayora. Pierwsze obchodzono w roku 1639, na którym spalono 11 osób.
Pomiędzy skazanymi w inny sposób, postrzegano trzech ceklarzy świętego oficjum, przekonanych o ułatwienie więźniom sposobów znoszenia się z sobą. Za rządów inkwizytorialnych Sotomayora podobnie jak za jego poprzedników, inkwizycja pozostawała w ciągłych prawie nieporozumieniach z władzami cywilnymi, głównie w Toledzie, Sewilli i Valladolidzie. Rezultatem wszystkich tych sporów była niezgoda w królestwie i pomnożenie liczby ofiar świętego oficjum.
Na dwa lub trzy lata przed usunięciem się generalnego inkwizytora Sotomayora, historycy zaznaczają początek wolnomularstwa, które w następstwie nastręczyć miało wiele zatrudnienia świętemu oficjum. Jakiekolwiek bądź były pierwsze prace tego towarzystwa, pewną jest rzeczą, że jego tajemnicze działania dostrzeżono najprzód w Anglii, za panowania Karola I, który zginął na rusztowaniu 1649 r. i zdaje się, że nieprzyjaciele Kromwella i republikańskiego systemu ustanowili naówczas wielkiego mistrza lóż angielskich, dla przygotowania umysłów do przywrócenia monarchii. Filip IV zmusił Antoniego Sotomayora do złożenia urzędu generalnego inkwizytora w roku 1643, po jedenastoletnimi straszliwym jego sprawowaniu. 780 osób spalono żywcem, 352 w wyobrażeniach, a 3,520 poniosło kary za jego zarządu; co w ogóle przedstawia liczbę 4,652 skazanych.
Don Diego de Arce y Reynoso dwudziesty drugi inkwizytor generalny, zastąpił Sotomayora dnia 8 września 1643 roku. W tejże epoce książę 01ivares, pierwszy minister Filipa IV został dysgracyonowany. Natychmiast zaniesiono do króla i do inkwizycji mnóstwo skarg na tego ex-ministra. Oskarżano w nich 01ivaresa o jak największe polityczne i religijne zbrodnie; obwiniano go przed inkwizycja, jako wierzącego w sądową astrologię, jako nieprzyjaciela katolickiego kościoła i jako mającego zamiar otrucia papieża Urbana VIII. Św. oficjum kazało rozpocząć przeciwko niemu postępowanie sądowe; lecz że 01ivares długo protegował
inkwizytora generalnego Diega, ten więc teraz nawzajem protegował Olivaresa, prowadząc instrukcją jak i najpowolniej; tak że minister umarł śmiercią naturalną wprzód nim inkwizycyą uwięzić go mogła.
Don Jeremiasz de Villanuova, protonotaryusz Arragonu, to jest sekretarz stanu tego królestwa, również oddany był pod sąd inkwizycyjny w epoce niełaski 01ivaresa, którego był przyjacielem i powiernikiem. Przypisywano mu heretyckie zamiary; zamknięty w tajemnych więzieniach świętego oficjum został skazany na wyprzysiężenie się; lecz skoro odzyskał wolność, apelował od tego wyroku do papieża. Dwór rzymski zażądał sprawozdania o tym interesie, kazał sobie przysłać całą procedurę i uniewinnił Villanuovę. Papież znalazł tak wiele niesprawiedliwości i nieregularności w sprawie protonotariusza, że wyprawił do generalnego inkwizytora breve, robiąc mu za to wyrzuty i polecając, aby czuwał nad wierniejszym zachowywaniem przepisów i nad większą sprawiedliwością i oględnością w wyrokach.
Proces Villanuovy, przekonywa, że duch inkwizycji za Filipa IV był ten sam co za Filipa II, że trybunał wiary, służył za narzędzie kierującym intrygami dworu, że inkwizytorowie nie zaniechali zwyczaju fałszowania lub zmieniania autentycznych dowodów, ilekroć ten manewr sprzyjał ich widokom, lekceważąc zresztą wszelkie mogące stąd wyniknąć rażące niewłaściwości, jak to dostrzeżono w sprawach Carranzy i innych ofiar.
Rządy generalnego inkwizytora Diegi obfitowały w tego rodzaju sprawy, niektóre z nich zasługiwałyby na wzmiankę, gdybyśmy mogli rozszerzyć granice naszego dziełka, ale musimy je przemilczeć, a trzymać się głównych wypadków. Ostatnim, jaki nam przedstawia panowanie Filipa IV, była beatyfikacja inkwizytora Piotra Arbueza, zabitego w Saragossie 1485. Beatyfikacja ta była dziełem inkwizytorów w epoce, w której już zapomniano o prawdziwych powodach które sprawiły, że naród zapragnął pozbyć się instytucji świętego oficjum-Przeminęło już sześć pokoleń, a lud, który po nich nastąpił, napojony od dzieciństwa ideami przeciwnemu pojęciom ludzi XV wieku, czcił jak świętość wszystko co należało do inkwizycji; nikt tedy nie miał ani dosyć odwagi do pokonania ogólnego usposobienia, ani dosyć powagi do zaprzeczenia temu, co głosili inkwizytorowie, bez narażenia się na jak największe prześladowania. Ceremonia ta, na którą król i święte oficjum poświęcili ogromne summy, odbyła się dnia 17 kwietnia 1664 roku, za pontyfikalnego panowania Aleksandra VIII. Inkwizytorowie hiszpańscy mniemali, że się okryli nieśmiertelną chwałą, bo umieścili na ołtarzu boskim mnicha z ich kraju i z ich instytucji. Inkwizytor generalny don Diego de Arce i Filip IV zmarli obaj jednego dnia, około końca 1665 roku.
Liczne wypadki powinny były dać uczuć mądrej administracji potrzebę zniesienia trybunału świętego oficjum, jako niepolitycznego, uciążliwego i przeciwnego sądowemu porządkowi i nawet publicznej spokojności, albo przynajmniej potrzebę ukrócenia jego władzy i poddania jego sądów zwyczajnym formom, aby zniszczyć wielkie nadużycia sekretu procedury. Ale nieudolność Filipa IV nie dozwoliła zaprowadzić tyle użytecznych reform. A tak za rządów don Diega padło jeszcze 9,560 ofiar, z których 1,472 spalono żywcem, a 736 w wyobrażeniach. Zebrawszy liczbę wyroków wydanych przez inkwizycję, od dziewiętnastego inkwizytora generalnego Pacheki, aż do śmierci don Diega co tworzy czterdzieści pięć lat panowania Filipa IV, przekonamy się: że 2,852 osób spalono żywych, 1,428 w wyobrażeniach, a 1,480 skazano na więzienie, galery i inne hańbiące kary, tudzież na konfiskatę majątków. Obraz zatem zgróz inkwizycji jeszcze nie pobladł