Kiedy Filip IV umarł, następca jego na tron hiszpański miał dopiero lat cztery, zatem matka jego Mary a-Anna Austryacka została regentką państwa.
Monarchini ta mianowała dwudziestym trzecim generalnym inkwizytorem don Pascala aragońskiego, kardynała arcybiskupa Toleda: lecz urzędował on bardzo krótko, bo królowa zażądała, aby się podał do uwolnienia i ustąpił miejsca jezuicie niemcowi Janowi Erardowi de Nitardo, jej spowiednikowi.
Ten dwudziesty czwarty inkwizytor generalny zaczął pełnić swoje obowiązki w końcu r. 1666, lecz znowu z rozkazu królowej matki zrzekł się swojego znakomitego urzędu po upływie lat trzech: Nitardo był śmiertelnym wrogiem don Juana Austryackiego, naturalnego syna Filipa IV, a brata Karola II; nie mogąc zemścić się na nim otwarcie, kazał świętemu oficjum wytoczyć bratu swojego króla proces potajemny, w którym zamierzał ogłosić go za podejrzanego o herezję; lecz gdy wypadki polityczne zniewoliły królową do żądania, aby się usunął z urzędu, Nitardo ubolewał mocno, że musi proces przerwać i patrzeć jak następca jego zawiesił wszelkie kroki przeciw don Juanowi Austriackiemu przedsięwzięte.
Liczą podczas zarządu Nitardy 768 skazanych, z których 144 spalono osobiście, a 48 w wyobrażeniach. A tak liczba ofiar inkwizycji zaczynała zmniejszać się o trzecią część, w porównaniu do dawniejszej, za jego poprzedników istniejącej.
Dwudziestym piątym generalnym inkwizytorem Hiszpanii został don Diego Sarmiento de Valladaris, arcybiskup i gubernator rady kastylskiej, którego długi zarząd przedstawia jedynie jako godniejszy uwagi wypadek, wielkie auto-da-fe wyprawione w Madrycie w r. 1680, podczas zaślubin Karola H z Marią Ludwiką de Burbon, córką księcia Orleańskiego, a siostrzenicą Ludwika XIV. Gust narodu tak był wówczas zepsuty, a okrucieństwa tak rozpowszechnione, że inkwizytorowie sądzili, iż pochlebią nowej królowej, oddając jej cześć godną jej, przez dodanie do zabaw weselnych widowiska wielkiego auto-da-fe, złożonego ze 118 ofiar, które po większej części zginąć miały w płomieniach. Sarmiento umarł w r. 1695, po dwudziestosześcio letnim sprawowaniu urzędu. W tym periodzie historii inkwizycji znowu żywcem spalono 1,248 nieszczęśliwych, 416 w wyobrażeniach, a 4,992 skazano na różne kary. W ogóle 6,656 ofiar.
Jan Tomasz de Rocaberti, generał dominikanów i arcybiskup Walencji, nastąpił po Sarmiencie, i był dwudziestym szóstym generalnym inkwizytorem Hiszpanii.
Za jego rządów Karol H zwołał wielką juntę dla uśmierzenia zwad między inkwizytorami a sędziami królewskimi. Zwady te tak się zagęściły i doprowadziły do takich nieprzyzwoitości, iż zakłóciły spokój nieść ludów i zatamowały wymiar sprawiedliwości. Wielka junta ułożyła memoriał, który mógłby był rzeczy należycie uporządkować, od czego inkwizytorowie tak często zbaczali; ale wszelkie pożyteczne środki wskazywane w tym memoriale pozostały bez skutku, bo generalny inkwizytor Rocaberti zdołał zmienić dobre usposobienie króla. W tej okoliczności użyli wszelkich jakie wyobrazić sobie można intryg, tak Rocaberti jak i spowiednik króla Froilan Diaz, aby zniszczyć dzieło wielkiej junty, przynoszące rzeczywisty zaszczyt uczonym i prawnikom, którzy się do niego przyłożyli.
Niech nam tu wolno będzie zauważyć, że we wszystkich czasach i pod rządami najbardziej despotycznych królów wspólnie z inkwizytorami ilekroć odbywały się wolne zgromadzenia narodowe, z łona najwięcej zezwierzęcianych i zabobonnych ludów, wchodzili mężowie, którzy uwolnieni z pęt, jakimi krępowano ich rozum i naturalną filozofię, wznosili się natychmiast nad swój wiek, śmiałą ręką odchylali zasłonę pokrywającą błędy i przesądy, do zdziwionych królów i narodów przemawiali językiem rozsądku i odwiecznej prawdy. Narady wielkiej junty pełne były zasad tak filozoficznych, że w dziewiętnastym wieku nie można by ich głosić, bez narażenia się na nazwę przewrotnego. Kocaberti, który przez pięć lat swojego inkwizytorskiego zarządu używał wszelkich intryg, aby nie dopuścić skutków postanowień wielkiej junty, umarł 1699 r. skazawszy 1,280 osób, z których 240 spalono żywych, a 80 w wyobrażeniach.
Don Alfons Fernandez de Cordova y Auguilar zaraz po nim nastąpił, lecz ten dwudziesty siódmy generalny inkwizytor hiszpański umarł przed objęciem urzędowania, a nastąpił po nim donBaltazar de Mendoza y Sandoval, biskup Segowii 30 października 1699 r.
Ten dwudziesty ósmy inkwizytor generalny zaledwie zaczął urzędować, w kilka miesięcy potem umarł Karol II, po blisko trzydziesto-pięcioletnim panowaniu. Rządy jego równie słabe jak zdrowie, dalekie były od powstrzymania zuchwałości i nadużyć nieustannie przez inkwizytorów popełnianych tak w Hiszpanii jak i w Ameryce.
Najsławniejszą sprawą wytoczoną przez inkwizycję za panowania Karola II, był proces przeciw jego własnemu spowiednikowi don Froilanowi Diazowi. Rozbiór jego znajdziemy w końcu tej książki; lecz wypada koniecznie odnieść się do epoki, w której się zdarzył, aby uwierzyć szkaradzie, jakiej jest pełen. A jednak takimi to zajmując się niedorzecznościami, inkwizycja od wieków napełniała swoje więzienia i podsycała stosy.
Za panowania Karola II skazano 8704 ofiar, z tych spalono żywych 1,632 a 594 w wyobrażeniach Większą część uwięziono lub skazano na galery i skonfiskowano im majątki.
Ponieważ Karol H nie pozostawił potomstwa, korona hiszpańska 1 listopada 1700 r. przeszła na głowę jego synowca Filipa de Bourbon, wnuka jego siostry Maryi Teresy i Ludwika XIV króla Francji.
Dwudziesty ósmy inkwizytor Mendoza sprawował swój urząd, gdy Filip V wstąpił na tron, a pojęcia dworu hiszpańskiego były wówczas tak skrzywione, iż sądzono, że sprawi się królowi przyjemność, wyprawiając na jego cześć uroczyste auto~da~ fe. Filip nie chciał naśladować przykładu swoich czterech poprzedników, którzy się zniesławili swoim fanatyzmem: odmówił obecności swojej na tak barbarzyńskim obrzędzie. Tymczasem tenże sam król, na wstępie panowania taki filantrop, nie zaprzestał protegować inkwizycji i pozostał wiernym maksymie, którą jego przodek Ludwik XIV weń wszczepił. Ten to monarcha francuski doradził nowemu królowi Hiszpanii popierać inkwizycję, jako środek jedyny do utrzymania spokojności w królestwie. Polityczne względy nadały nową ważność świętemu oficjum: chodziło o złożenie przez Hiszpanów przysięgi na wierność Filipowi Burbonowi. Stronnicy domu austriackiego mniemali, że ta przysięga nie obowiązywała, a niektórzy kaznodzieje głosili nawet, iż wolno jest buntować się przeciw temu cudzoziemskiemu księciu.
Inkwizycja wdała się w tę sprawę: ogłosiła akt obowiązujący wszystkich Hiszpanów pod karą śmiertelnego grzechu i zastrzeżonej ekskomuniki do denuncjowania osób, utrzymujących, iż wolno jest gwałcić przysięgę wykonaną królowi Filipowi, a spowiednikom zalecono przekonywać się, czy ich penitenci zastosowują się do danych sobie przepisów, i nie dawać im rozgrzeszenia, aż będą posłuszni. Z rozporządzenia tego wynikło mnóstwo procesów o krzywoprzysięstwo wytoczonych przez święte oficjum ; ale nie śmiano dalej rzeczy posuwać, mianowicie w Aragonie, gdzie wszyscy mieszkańcy oświadczyli się przeciw temu nowemu środkowi.
Generalny inkwizytor Mendoza tak dalece nadużywał swojej władzy, iż Rada Najwyższa uznała za potrzebę odmówić sankcji niektórym jego aktom. Rozgniewany Mendoza kazał aresztować i okuć w kajdany trzech radców szczególnie oponujących, i powziął śmiały zamiar odjęcia radzie inkwizycyjnej prawa wdawania się w sprawy ulegające jego rozstrzygnieniu, a radcom możności stanowczego głosowania. Ten zamach inkwiytorialny despotyzmu skłonił Filipa V do gwałtownego przeciw Mendozie wystąpienia; zmusił on inkwizytora do złożenia urzędu i do wyjazdu z Madrytu. Rada inkwizycji odzyskała na nowo swoje prawa. Papież, którego nuncjusz w Hiszpanii był po stronie Men-dozy, żalił się królowi na takie obejście z jego delegatem tak wysokiego znaczenia i przesłał do niego reklamację spisane w duchu ultramontańskim najniezgodniejszym z prawami monarchizmu, ale Filip nieugięcie obstał przy swoim postanowieniu i mianował biskupa Cuency Vidala Marina na miejsce Mendozy.
Papież potwierdził tego nowego naczelnika inkwizycji, w dniu 24 marca 1705 roku. Ten dwudziesty dziewiąty inkwizytor umarł w roku 1709 po czteroletnim sprawowaniu urzędu. Zarząd jego tern tylko się odznacza, że ustanowił siedemnasty trybunał świętego oficjum, zwany inkwizycja dworu. Od czasów panowania Filipa IV istniał w Mad,rycie jeden inkwizytor i jeden trybunał, ale zależał od toledańskiego. Vidal Marin dokonał rozdziału, aby ulżyć w pracy inkwizytorom toledańskim, zawsze przeciążonym sprawami, bo liczba osób podsądnych w owej epoce była jeszcze większa niż za Mendozy, z powodu nieporozumień miedzy dworami rzymskim i wiedeńskim, tudzież madryckim. Polityczne opinie stanowiły wtedy wykroczenia, którymi inkwizycja zawładnąć umiała.
Don Antoni Ibaguez de la Ptiva-Herrera arcybiskup Saragossy, został trzydziestym inkwizytorem generalnym. Papież zatwierdził jego nominację w kwietniu 1709 roku, sprawował swój urząd do miesiąca września 1710 roku, w którym umarł.
Kardynał włoski, don Franciszek Judice, zastąpił Ibagueza. Urzędowanie tego trzydziestego pierwszego generalnego inkwizytora trwało lat sześć, w ciągu których święte oficjum tylko co nie zostało zniesione.
Prokuratora królewskiego Makanaza, który odważnie bronił praw korony przeciwnym nieznośnym pretensjom rzymskiego dworu, inkwizycja osądziła i skazała za dzieło, które napisał z rozkazu króla, a ocalenie swoje winien był jedynie ucieczce. Filip użalał się na to przed radą inkwizycyjną, która śmiała znieważać jego powagę. Król zgorszony taką zniewagą i postępowaniem inkwizytorów, znalazł stanowcze powody do zniesienia świętego oficjum; dekret mający je zniszczyć, przygotowano w roku 1715, i byłby zadany śmiertelny cios temu krwawemu trybunałowi, gdyby nie intrygi królowej, jej spowiednika jezuity Danbeutona i kardynała Albe-roni, przyjaciela inkwizytora Judicego. Intrygi te zmieniły stan rzeczy, tak że postępowanie Macanaza, pełne gorliwości i wierności przedstawiono jako zbrodnicze. Filip znowu postępował według zasady Ludwika XIV, a nowym rozporządzeniem odroczono postanowienia pierwszego. Macanaz zaś był ofiarą słabości rządu hiszpańskiego, dopóki po śmierci Filipa V nie powołał go do powrotu Ferdynand VI.
Kardynał Judice nieobecny w tym królestwie, podziękował za urzędowanie w roku 1716 po sześcioletnim pobycie na czele inkwizycji.
Rezultat skazań w ciągu jego zarządu był prawie taki sam jak za jego poprzedników, pod panowaniem Filipa V.
Don Józef de Molines, audytor roty w Rzymie, wezwany został w roku 1717 przez Filipa do zastąpienia kardynała Judicego, lecz ten trzydziesty drugi inkwizytor generalny, wzięty przez Austriaków jako jeniec wojenny, umarł zatrzymany w Mediolanie; a tak inkwizycją hiszpańska pozostawała bez naczelnika aż do roku 1720, w którym Filip mianował trzydziestym trzecim inkwizytorem generalnym radcę rady najwyższej don Jana d’Arzaniendi, który także wkrótce umarł.
Jego następcą został don Diego de Astorga y Céspedes, biskup Barcelony i trzydziesty czwarty hiszpański inkwizytor generalny, który tego samego roku zrzekł się urzędu dla zajęcia arcybiskupstwa w Toledzie.
Don Jan de Camargo biskup Pampeluny, zastąpił don Diega, dnia 18 lipca 1720 roku. Ten trzydziesty piąty naczelnik inkwizycji urzędował dosyć długo, za jego czasów wolnomularstwo rozkrzewiło się w większej części Europy, a nawet w Ameryce.
Stowarzyszenie to przenikło do Francji w roku 1723, a w osiem lat później do Holandii, Rossy i, Niemiec i Włoch, a w r. 1733 liczono już i w Ameryce północnej kilkanaście lóż masońskich. Izba policyjna Chatelet w Paryżu najpierwsza w Europie wystąpiła ze środkiem surowości przeciw wolnym mularzom, dnia 14 września 1732 roku, zabroniła im zgromadzać się i skazała niejakiego pana Chapelotfa na zapłacenie tysiąca liwrów za dozwolenie zbierania się Massonów w swojem mieszkaniu w la Rappee; dom jego zamknięto na pół ro-roku. Ludwik XIV niezmiernie groził wolnym mularzom, lecz bez skutku; bo za jego panowania dwóch książąt krwi nie wahało się przyjąć stopnia wielkiego mistrza.
W roku 1737 rząd holenderski przez nadmiar ostrożności zabronił wolnomularskich zebrań, ale środek ten wkrótce odwołany, a wolnomularstwo odtąd w Holandii protegowano.
Elektor Palatynatu reńskiego jednocześnie zabronił tych zgromadzeń w swoich posiadłościach; w tym wielkiego oporu, zaczem poszły mnogie aresztowania.
Książe toskański wydał także dekret proskrypcyjny przeciwko lożom, a papież Klemens XII po zabronieniu pod karą śmierci zgromadzeń masońskich w Rzymie, ustanowił we Florencji inkwizytora do ścigania wolnych mularzy. Gdy Franciszek lotaryński został wielkim księciem tego kraju, wygnał inkwizytora, wypuścił na wolność aresztowane przez niego osoby i ogłosił się protektorem masońskich instytucji.
Dotychczas sama tylko inkwizycja rzymska zajmowała się wolnomularstwem i wywołana bullę wydaną przez Klemensa XII, tudzież gnębiła loże włoskie. Przekonamy się wkrótce, że hiszpańskie święte oficjum na półwyspie uciekło się do takich samych środków i ostro wystąpiło przeciwko wolnomularstwu.
Za urzędowania generalnego inkwizytora Camargi, sekta Molinosa czyniła w Hiszpanii wielkie postępy i nastręczyła świętemu oficjum sposobność do rozwinięcia swojej działalności. Zanim osiadł w Rzymie, Molinos zebrał w Hiszpanii pewną liczbę uczniów, szerzących tam jego zasady. Pozory duchowej doskonałości,’ łącznie . z systemem wolnego polotu nieuporządkowanej duszy, uwiodły wiele osób, które by nie dopuściły się nigdy żadnej herezji, gdyby nie urok, jakim Molinos otoczył swoje błędy. Inkwizycja złożyła z urzędu i uwięziła biskupa z Quieda, jako molinosistę. Jan dc Causada, naj-poufhiejszy uczeń Molinosa, zginął na stosie, a inkwizytorowie w Logronie skazali na dwieście razów chłosty i wieczne więzienie karmelitę Jana de Lougas, najgorliwszego zwolennika tej nauki.
Rozkrzewiła się ona szybko po klasztorach, co dało wiele zajęcia inkwizytorom, a mianowicie w Yalladolidzie i Logronie, bo w zgromadzeniach
zakonnic pomiędzy niemi i ich dyrektorami działy się rzeczy tak gorszące i groźne, iż bez struchlenia przytoczyć ich nie można. Najwyuzdańsza rozpusta, gwałtowne pozbywanie się płodu i dzieciobójstwo tak się tam zagnieździły, że każdy klasztor przedstawiał ich przykłady, a co bardziej zastanawia, że obrzydliwości te popełniano tam niejako z pozorną dobrą wiarą, którą tylko fanatyzm usprawiedliwić może. Ten to fanatyzm dla sekt wpajał w słabe umysły przekonanie, iż wszystko do czego upoważniali spowiednicy, można czynić bez występku. I tak widziano w klasztorze Corella, w Nawarze, przełożoną, która miała już kilkoro dzieci z prowincjałem karmelitów bosych, jak sama trzymała swoją siostrzenicę, gdy tenże prowincjał znieważał wstyd tej młodej osoby, iżby czyn ten miał większą zasługę w oczach Boga. Widziano zakonnice i mnichów bezwstydnie towarzyszących połogom innych mniszek, których dzieci natychmiast duszono, a czyniono to wszystko wśród postów i tysiąca innych oznak zewnętrznej pobożności. Inkwizycja wprawdzie gnębiła zakonnice z tych otchłani zbrodni, lecz z małymi tylko wyjątkami, kary im zadawane ograniczały się na rozproszeniu ich po różnych klasztorach. Rzecz zadziwiająca, że po tylu nieporządkach w tym rodzaju, których opisów pełno po archiwach, inkwizycją nie odjęła mnichom kierunku źeńskiemi klasztorami.
Generalny inkwizytor Camargo tyle pobłażliwy dla zakonnic i mnichów, umarł dnia 24 maja 1733 r., po trzynastoletniem urzędowaniu.
Filip V powierzył to urzędowanie don Andrzejowi de Orbe y Larreategui, arcybiskupowi Walencji i gubernatorowi rady kastylijskiej, trzydziestemu szóstemu generalnemu inkwizytorowi.
Jego urzędowanie przedstawia jako ważniejszy wypadek, rozdział inkwizycji sycylijskiej od hiszpańskiej. Sycylia przestała należeć do kastylijskiej korony od roku 1713. Król Karol otrzymał bullę papieską, ustanawiającą dla tej wyspy niezależnego inkwizytora generalnego, a następca jego Ferdynand IV zniósł zupełnie ten znienawidzony trybunał w r. 1782.
De Orbe umarł w roku 1740, w którym Filip V ogłosił rozkaz królewski przeciw wolnym mularzom, których wielu aresztowano i skazano na galery. Inkwizytorowie korzystali z danego przez monarchę przykładu i równie surowo obeszli się z członkami loży odkrytej w Madrycie.
Opróżnione po śmierci Orbego miejsce dopiero w roku 1742, to jest we dwa lata później, zapełnił
Filip, powierzając takowe arcybiskupowi z Santjaga, don Manuelowi Izydorowi Maurique de Lara.
Mauriąue trzydziesty siódmy generalny inkwizytor Hiszpanii, z trudną do uwierzenia zajadłością wystąpił przeciw franciszkanowi Bellaudeinu, autorowi Cywilnej his toryi Hiszpanii, w której skreślił wszystkie główne wypadki zaszłe w tern królestwie od wstąpienia na tron Filipa V aż do roku 1733. Król po dwukrotnem przejrzeniu tego dzieła, dozwolił je drukować, ale inkwizycja uznała, iż nie powinna dozwolić, aby je czytano, ponieważ autor udowodnił, że inkwizytorowie nie zawsze postępowali według przepisów. Bellaudego wtrącono do inkwizycyjnych więzień, gdzie obchodzono się z nim jak najniegodziwiej, po wyjściu z nich zamknięto go w klasztorze, gdzie miał przepędzić całe życie, i zabroniono mu pisać dzieła. Tym to sposobem święte oficjum uwalniało się zawsze od wszystkich śmiałych pisarzy, którzy usiłowali oświecić króla i naród.
Mauriąue umarł w roku 1745. W tej epoce istniało jeszcze w Hiszpanii siedemnaście inkwizycyjnych trybunałów, z których każdy wyprawiał corocznie przynajmniej jedno auto-da-fe.
Filip V mianował trzydziestym ósmym inkwizytorem generalnym don Franciszka Pereza de Prado y Cuesta, biskupa z Teruelu, który jeszcze nie otrzymał od papieża konfirmacyjnej bulli, gdy już Filip umarł.
Ten pierwszy król hiszpański z burbońskiego domu panował lat 46. Około połowy swojego panowania zrzekł się korony na rzecz swojego syna Ludwika I, lecz gdy ten młody książę zaraz umarł, ojciec objął znowu wodze rządu i dzierżył je aż do śmierci, zeszłej w r. 1745 dnia 9 lipca.
Powszechnie w Europie mniemają że inkwizycją zaczęła działać z mniejszą srogością, od czasu jak monarchowie z linii Burbonów zasiedli na hiszpańskim tronie; ale mylna to opinia. Monarchowie ci nie przepisali żadnego nowego prawa inkwizycji , nie zmienili także w niczem jej dawnego kodeksu, nie przeszkodzili w niczym potępianiu osób przez ten nienawistny trybunał, bo za panowania Filipa V liczba ich była jeszcze bardzo znaczna. Liczą w tym czasie 782 auto-da-fe, na których figurowało 11,480 indywiduów obojga płci, a z tych spalono żywcem 1,600, a w wyobrażeniach 760.
Prawdziwymi przyczynami wielkiego zmniejszenia się auto-da-fe i skazań za czasów Filipa V i jego następców, było prawie całkowite wygaśnięcie w Hiszpanii wyznań żydowskiego i mahometańskiego; postęp światła i filozofii; nastanie dobrego gustu w literaturze królestwa; ustanowienie periodycznych pism i akademii, a na koniec postanowienia konkordatu z r. 1773. Zaczęto wtedy uważać za rozsądne wiele pojęć, które ciemnota i przesąd wskazywały jako antyreligijne i sprzyjające bezbożności. A tak opinia Galileusza niegdyś wyklęta razem z autorem utrzymała się teraz w Rzymie; nie obawiano się dla tego uchybienia poszanowania Pismu Świętemu, zaczęto poznawać w Hiszpanii rozmaite dobre dzieła i postanowienia niektórych zagranicznych władców, które niedawno poczytywano by za zamach na inkwizycję, a samą inkwizytorowie przez zbieg okoliczności nabyli światła. Rewolucja ta zaszła około połowy osiemnastego wieku, lecz szczęśliwe jej wyniki objawiły się dopiero za panowania Ferdynanda VI.