Papież postanowił powierzyć sprawy poszukiwania i osądzania heretyków odpowiednio przygotowanym do tego ludziom, wyposażonym w pełnomocnictwa papieskich sędziów delegowanych. Pierwszym mianowanym w ten sposób sędzią – inkwizytorem był przeor klasztoru dominikanów w Ratyzbonie oddelegowany do tego zadania w 1231 roku. Grzegorz IX zezwolił przeorowi w razie potrzeby dobrać sobie kilku braci do pomocy. W następnych latach mianował papież kolejnych sędziów delegowanych dla ziem Langwedocji. W ten sposób doszło do utworzenia najsławniejszej chyba instytucji Kościoła katolickiego – inkwizycji papieskiej.
W tym miejscu należy zwrócić uwagę na dwoistość terminu „inkwizycja”, którym przez długi czas nazywano antyheretyckie działania, podejmowane przez inkwizytorów papieskich. Od XIII wieku oznaczał on zaś nowy typ postępowania sądowego, stosowany do ścigania z urzędu osób podejrzanych o herezje.
Zakonnicy – w największej mierze dominikanie, lecz później także franciszkanie – byli niejako predestynowani do funkcji inkwizytorów. Opinia o dominikanach jako, zgodnie z ich nazwą domini cannes – psach pańskich, zdawała się ustawicznie to potwierdzać. Byli ludźmi wykształconymi i absolutnie podporządkowanymi Stolicy Apostolskiej. Ponadto jako zakonnicy, nie byli związani z lokalnymi społecznościami, do których ich wysyłano. Na koniec warto dodać, że zakonnicy cieszyli się powszechnym autorytetem jako kaznodzieje i spowiednicy, przez co darzeni byli szacunkiem oraz poważaniem. Papież mianując inkwizytorów szukał ludzi, którzy najlepiej spełnialiby rolę zarówno zawodowych sędziów, jak i opiekunów – pasterzy społeczności.
Niestety, szeroki zakres kompetencji jakim obdarzeni byli inkwizytorzy okazał się zbyt wielkim ciężarem, nawet dla specjalnie dobieranych wysłanników papieskich. Tajemnica, którą objęte były postępowania, dawała prowadzącym proces szerokie uprawnienia do aresztowania czy uwięzienia (dzięki nadaniu mocy dowodowej zwykłej famie – sławie). Nie mieli oni też jakiegokolwiek obowiązku poinformowania oskarżonego o postawionych mu zarzutach i mogli zatajać przed nim imiona świadków. Oskarżonemu brak było możliwości korzystania z obrońców, odwołania się od wyroków, dopuszczalne i powszechne zaś stało się stosowanie tortur do wymuszenia spontanicznego przyznania. Wszystkie te czynniki sprawiły, że sprawiedliwy przebieg całego postępowania zależał od uczciwości prowadzącego całą sprawę, co stwarzało możliwości do zaspokojenia chciwości, politycznych ambicji, załatwienia sąsiedzkich porachunków czy wręcz sadyzmu.
Już w pierwszych latach działania inkwizytorów dochodziło do licznych nadużyć, bowiem od pokus władzy nie byli wolni nawet najroztropniejsi bracia. Przykładem takich inkwizytorów byli: Robert Le Bourge, mianowany w 1233 roku, w następnym roku odwołany, a w końcu osądzony i skazany. Działający w tych czasach w dolinie Renu Konrad z Marburga, za swoje nadużycia został zamordowany. W następnych latach ofiarą niedoszłych skazanych padł w warowni Montsegur Wilhelm Arnaud. W 1252 roku zamordowany został Piotr z Werony – późniejszy święty – pełniący obowiązki inkwizytora Lombardii.
Nie możemy jednak popadać w przesadę, ku której niewątpliwie kieruje nas literatura promująca czarną legendę inkwizycji, ukazująca sędziów inkwizycji jako wyuzdanych sadystów. Rozdarcie jakie było niewątpliwym udziałem każdego inkwizytora, wynikało z tego, iż z jednej strony musieli oni wykazać zawodową nieufność jako prokuratorzy, a z drugiej strony zawodowe zaufanie jako spowiednicy. Wszystko to zaś było dodatkowo obciążone odpowiedzialnością przed zwierzchnikami za efekty oraz przed społecznością wiernych, której ochrona była także jednym z zadań tych duchownych.
Schizofreniczne napięcie potęgował także swoisty etos zawodowy urzędników, których niejednokrotnie sława kary „biczów” i „młotów” na heretyków musiała być podtrzymywana, by działać prewencyjnie na niestałych w wierze oraz skłaniać świadków do zeznań i tym skuteczniej prowadzić do wykrywania niewygodnych Kościołowi organizacji i osób.
Początek walk z nadużyciami przyniósł rok 1242, kiedy to doświadczenia pierwszej dekady inkwizycji papieskiej zostały zebrane w postanowieniach synodu w Terragonie. Zdefiniowano wtedy pojęcie heretyka, którym od teraz był nie tylko ten, kto trwał uparcie w błędzie, ale także ten, kto akceptował poglądy innych heretyków, uczestniczył w ich nabożeństwach, nie informował o znanych sobie kacerzach, ukrywał, wspierał ich lub bronił. Synod zestawił katalog wszelkich możliwych kar, zarówno o charakterze pokutnym jak i kryminalnym oraz dokonał kompilacji ustawodawstwa Grzegorza IX i ustalił schemat procedury inkwizycyjnej.
Procedurę tą można odczytać z powstających w tym czasie podręczników inkwizytorskich. Zostanie ona przedstawiona w następnym rozdziale, jako procedura służąca zwalczaniu herezji i czarownictwa, obowiązująca na ziemiach polskich.
Następne korekty procedury inkwizycyjnej miały miejsce podczas soboru w Vienne w 1312 roku. Stanowisko w sprawie nadużyć inkwizytorów wyraził Kościół w dwóch dekretach, co świadczyło o szerokiej ogólnokościelnej skali tego zjawiska. Sobór zakazywał powierzania zakonnikom poniżej 40 roku życia funkcji inkwizytorskich. Ponadto zobowiązywał inkwizytorów do ścisłej współpracy z miejscowym biskupem. Poddanie kogoś torturom wymagało zgody tegoż biskupa, jeśli prowadził je inkwizytor oraz zgody inkwizytora, jeśli prowadził je biskup. Od podobnej zgody obu zależało zamknięcie kogoś w areszcie, przy czym w wypadku aresztu ścisłego (murus strictus) aresztowany miał pozostawać pod podwójną strażą, z jednej strony biskupią, a z drugiej inkwizycyjną. Inkwizytorom zakazano noszenia broni czy nadmiernego powiększania swojego orszaku ponad grono koniecznych urzędników.
Sobór w Vienne był ostatnim soborem, na którym znalazły się postanowienia dotyczące inkwizycji. Od XIV wieku głównym problemem Kościoła stało się nie zwalczanie kacerzy, a walka o jego wewnętrzną reformę.
To czy te same schematy prawne stosowane wobec heretyków, były również używane w celu zwalczania magii i czarów było w średniowieczu kwestią zmienną, zależną w dużej mierze od indywidualnego nastawienia każdego papieża. Tak zwany Canon Episkopi z roku 906 głosił, że właśnie wiara w czary jest herezją. Jeszcze papież Grzegorz VII panujący w latach 1073 – 1085, ostrzegał:
„Raczej uchrońcie się przed zemstą Boga stosowną pokutą, niż byście mieli daremnie, niczym drapieżne zwierzęta atakować owe niewiasty bez winy i tym właśnie sprowadzić na siebie gniew Boży”.
Na doniesienie wspomnianego wyżej Konrada z Marburga o wielu wykrytych przez siebie przypadkach oddawania czci szatanowi, odpowiedział Grzegorz IX ponagleniem, by z gorliwością przeciwstawił się szerzeniu zła. Jednak już papież Aleksander IV dwukrotnie, bo w latach 1258 i 1260 w odpowiedzi na podobne informacje zabronił inkwizytorom przeprowadzania procesów osób podejrzanych o uprawianie czarów, chyba że jednocześnie były oskarżane o herezję.
Kolejne rozporządzenia przeciw czarownictwu wydał Jan XXII panujący w latach 13161334. Dnia 22 sierpnia 1320 roku, w Awinionie nakazał kardynałowi Williamowi Goudinie, by polecił trybunałowi inkwizycyjnemu w Carcassonne podjęcie działań przeciwko magom, czarownikom oraz tym, którzy zaklinają demony, sporządzają figurki z wosku bądź bezczeszczą święte sakramenty, jako heretykom i zarządził konfiskatę ich majątków.
Tym samym, chociaż jego poprzednicy również wydawali bulle skierowane przeciwko osobom uprawiającym praktyki magiczne, Jan XXII stał się pierwszym papieżem, który oficjalnie opowiedział się za koncepcją herezji czarnoksięstwa
„[…] pragnąc gorąco, by wszyscy złoczyńcy, którzy szkodzą owczarni Chrystusowej, zostali wygnani z domu Bożego, życzymy sobie, nakazujemy i polecamy ci, na mocy naszej władzy, byś wyszukiwał i aresztował, a także na inne sposoby działał przeciwko tym, którzy składają ofiary diabłom i oddają im cześć albo oddają się im w poddaństwo wręczając im dokument lub coś innego podpisanego ich własnym imieniem; tym, którzy zawierają otwarcie przymierze z diabłami, tym, którzy sporządzają lub każą sporządzać innym figurki z wosku lub z czegoś innego, aby w ten sposób, a także za pomocą przywoływania diabłów, zmusić je do popełniania wszelkiego rodzaju maleficiów, tym, którzy, nadużywając sakramentu chrztu, chrzczą albo powodują, by ochrzczone zostały figurki sporządzone z wosku lub z innych substancji, albo uciekając się do zaklinania złych duchów czynią lub powodują, że uczynione zostaje coś podobnego […], a także guślarzom i czarownikom, którzy posługują się sakramentem mszy świętej lub hostią, a także innymi sakramentami Kościoła lub jakimkolwiek z nich, czy to w jego formie, czy treści, dla praktyk magicznych i czarnoksięskich”.
Kilkakrotnie jeszcze w czasie swojego pontyfikatu Jan XXII potwierdził swoją politykę wobec czarownictwa. Bulla którą wydał w roku 1318, zezwalała na wytaczanie procesów zmarłym heretykom – „należy zatrzeć pamięć nawet o tych, którzy zmarli”. W napisanym w roku 1330 liście do inkwizytorów w Narbonne i Tuluzie traktował on magię i herezję jako równorzędne zbrodnie przeciwko Bogu. W bulli z roku 1326 (lub 1327) opisał szczegółowo zbrodnie popełniane przez czarownice, zapewniając za świętym Augustynem, że przestępstwa te były faktem rzeczywistym.
„Niektórzy ludzie, chrześcijanie z imienia jedynie, porzucili światło pierwszej prawdy na rzecz przymierza ze śmiercią i frymarku z piekłem. Składają ofiary diabłom i oddają im cześć; sporządzają sobie lub w inny sposób wchodzą w posiadanie figurek, pierścieni, zwierciadeł, flaszek i innych przedmiotów poprzez które – dzięki swej sztuce magicznej – rozkazują demonom, otrzymują od nich odpowiedzi na zadane pytania, proszą je o pomoc w realizacji swych potępieńczych celów, oddając się w jak najhaniebniejsze wobec nich poddaństwo, by cele te osiągnąć”.
Polityka łączenia przestępstwa herezji z czarownictwem, a w zasadzie traktowanie czarownictwa jako następnej sekty, potwierdzone zostało orzeczeniem Paryskiego Wydziału Teologii z roku 1398. Wyrok ten uznał wszelki rodzaj magii za heretycki, gdyż zakładający pakt z diabłem.
Sykstus IV był kolejnym papieżem, który w swoich trzech bullach, z lat 1473, 1478 i 1483, postawił wróżbiarstwo i czarną magię na jednej płaszczyźnie z herezją, utrwalając tym samym fundamenty pod nowożytne polowanie na czarownice.