Do połowy XII wieku Kościół cały czas nie posiadał jeszcze jednolitej, stosowanej powszechnie pragmatyki w odniesieniu do heretyków. Do dyspozycji władz zarówno duchownych, jak i świeckich pozostawały rozwiązania mieszczące się w widełkach, których ramiona z jednej strony wyznaczały słowa ojców Kościoła, takich jak Wason z Liege czy Bernard z Clairvaux, który głosił, że heretyków należy chwytać przy pomocy argumentów, a nie broni. Z drugiej natomiast strony wachlarz środków contra hereticos zamykała krucjata przeciwko albigensom.
Sytuacja w tej kwestii zmieniła się od połowy XII wieku, kiedy na uniwersytecie w Bolonii dokonano odkrycia i rozpoczęto badania nad ustawodawstwem Justyniana. Pierwszym znanym mistrzem na polu wyjaśniania trudnych tekstów prawniczych był Irneriusz, a kontynuatorem niemalże mu współczesnym Gracjan. Był on autorem Concordia discodantium canonum znanym później jako kodeks Gracjana, zawierającym komentarze objaśniające ustawodawstwo Justyniana, a mianowicie: Kodeks, Instytucje, Digesta i Nowele. Wraz z nimi światło dzienne ujrzało ponownie całe wypracowane od IV do VI wieku prawo zwalczające heretyków. Zbiór ten nie miał charakteru oficjalnego dokumentu kościelnego, stanowił prywatne opracowanie bolońskiego mistrza, niemniej jednak od lat czterdziestych XII wieku był fundamentalnym tekstem dla wykładowców prawa w Bolonii i w całej Europie oraz kamieniem węgielnym rodzącego się prawa kanonicznego. Kodeks przewidywał za herezję nie tylko ekskomunikę, ale też kary kryminalne. Zostało wtedy ponownie odkryte narzędzie, którym posłuży się Kościół do zwalczania sekt i czarownictwa.
Sama instytucja Kościoła nie korzystała jeszcze z rozwiązań proponowanych przez bolońskich wykładowców prawa, niemniej jednak polityka soborowa wyraźnie się w tym okresie zaostrzyła. Świadczy o tym Sobór Laterański III w 1179 roku, który oprócz tradycyjnych wewnątrzkościelnych środków służących zwalczaniu heretyków, takich jak ekskomunika, nakazał także władcom katolickim konfiskatę majątków i zniewolenie kacerzy. Poddanych władców heretyckich, sobór zwolnił z obowiązku posłuszeństwa względem suwerenów.
Należy zaznaczyć, że rozwiązania do których wzywa Kościół, przewidywały już ingerencję władców świeckich i daleko wykraczały poza wewnątrzkościelną dyscyplinę. W celu zapewnienia sankcjonowania nowego prawa konieczna była współpraca obu tych ośrodków, co pod koniec XII wieku nie było już jednak oczywistością. Ówczesną Europą wstrząsały konflikty między cesarstwem, a papiestwem i dopiero uzyskanie przez Kościół – w osobie Aleksandra III – przewagi nad Fryderykiem Barbarossą, dzięki zwycięstwie Ligi Lombardzkiej w bitwie pod Legnano w 1176 roku, umożliwiło zaangażowanie ramienia świeckiego w celu obrony wiary.
Do sformalizowania współpracy doszło w 1184r. w Weronie, kiedy to cesarz i papież podpisali dekret Ad abolendam poświęcony walce z herezją. Jest on nazywany przez historyków
Kartą Fundacyjną Inkwizycji, ponieważ przekładał na praktyczny język procedur zasady znane z kodeksu Gracjana.
Dokument ten poza tradycyjnymi karami kościelnymi, takimi jak ekskomunika i anatema, przewidywał za grzech (przestępstwo herezji) kary świeckie. Do władzy duchownej należało zatem tylko ustalenie winy. W tym celu biskupi mieli dwukrotnie w ciągu roku wizytować podległe sobie parafie, co do których istniało podejrzenie, że przebywają w nich heretycy. Biskupi winni byli przeprowadzić śledztwo wszczęte na podstawie doniesienia wiarygodnych świadków (testes synodales), którzy odpowiadali pod przysięgą na pytania wizytatorów, wskazując osoby otoczone w społeczności złą sławą (mala fama). W razie potrzeby zaprzysiężona miała zostać cała okolica, a osoby uporczywie odmawiające przysięgi miały być przez sam ten czyn uznane za heretyków. Po przeprowadzeniu dochodzenia tzw. inkwizycji, winni mieli być przekazani w ręce sądów świeckich, które wyznaczały odpowiednią karę, zgodnie z lokalnymi zwyczajami prawnymi.
Niezwykle szeroko zakreślony został krąg podejrzanych. Poza samymi heretykami „mieczem ekskomuniki” mieli być dotknięci także podejrzani o herezję, dopóki w ciągu roku nie oczyszczą się z zarzutów. Ponadto ekskomunice podlegali wierzący, przyjmujący, broniący i wspierający heretyków. W przypadku gdy wyżej wymienieni w ciągu roku nie oczyścili się z zarzutów, zostawali pozbawieni czci, co z kolei łączyło się z niemożliwością obejmowania jakichkolwiek urzędów czy zabierania głosów w publicznych zebraniach. Nie mogli oni też sporządzać testamentu, ani dziedziczyć. Sankcje zaostrzały się w przypadku gdy podejrzany był sędzią, adwokatem, notariuszem czy duchownym.
Krąg obłożonych ekskomuniką poszerzył się dalej o osoby, które odmawiały unikania heretyków wyraźnie wskazanych przez Kościół. Duchowni nie mogli osobom „zarażonym” udzielać sakramentów, a w razie złamania zakazu zostawali pozbawieni urzędu. Na karę ekskomuniki zasługiwali kaznodzieje, którzy nauczali bez pozwolenia lokalnego biskupa czy stolicy apostolskiej.
Akt dodatkowo wymagał od każdego wstępującego na stanowisko duchowne bądź też świeckie urzędnika, z władcą na czele, publicznej przysięgi obrony wiary. Jeśli przysięgający był opieszały i zaniedbywał nałożone na niego obowiązki, a w okresie roku nie wypełnił zadośćuczynienia, zostawał obłożony anatemą przez lokalnego metropolitę, dobra jego były przyzywane władcom prawowiernym, a podlegli mu wasale zostawali zwolnieni z przysięgi wierności. Podobna sankcja czekała opieszałego w swej roli biskupa z tą różnicą, że jego beneficja były przekazane Kościołowi.
Kolejnym dokumentem papieskim, który miał znaczenie dla rodzącej się procedury inkwizycyjnej był dekretał Innocentego III Vergentis in senium z 1199 roku. Akt ten skierowany był wprawdzie do kleru, władz miejskich i ludu Viterbo, ale jego wpływ – dzięki ustawodawstwu cesarza Fryderyka II – okazał się o wiele szerszy.
O znaczeniu dokumentu dla przyszłego rozwoju procedury inkwizycyjnej przesądził fakt, iż papież postępując w duchu chrześcijańskiego ustawodawstwa Cesarstwa Zachodnio- rzymskiego stawiał znak równości między herezją, a zdradą i zbrodnią obrazy majestatu. Nowa kwalifikacja pozwalała na zastosowanie najsroższych sankcji, z karą śmierci i konfiskatą mienia na czele. Rozszerzono krąg ukaranych na dzieci skazanego, poprzez konfiskatę majątku oraz pozbawienie ich czci obywatelskiej. Było to istotnym novum w dotychczasowej praktyce, do tej pory bowiem mienie po skazanym przypadało państwu dopiero, gdy zmarły nie miał dzieci z prawego łoża, a wobec potomków heretyka nie stosowano zasady zbiorowej odpowiedzialności.
Przemożny wpływ na kształtowanie się procesu inkwizycyjnego, jak i na jego późniejszą europejską i polską recepcję miały konstytucje cesarskie Fryderyka II. Waga i rola jaką odegrały te akty dla rozwoju europejskiej procedury wymagają poświęcenia im nieco więcej uwagi.
Pierwszym aktem Fryderyka II zawierającym przepisy dotyczące walki z heretykami była konstytucja z roku 1220, wydana z okazji koronacji cesarskiej. Powtarzała ona prawie dosłownie część postanowień trzeciego kanonu uchwał IV Soboru Laterańskiego z 1215 roku. Tam gdzie postanowienia ustawy odbiegały od laterańskiego poprzednika, wydają się być wzorowane na liście papieża Innocentego III skierowanego do kleru, rajców i ludu miasta Viterbo.
Kolejne ustawy cesarskie przeciw heretykom, to konstytucja dla Lombardii z 1224 roku oraz rozdział opublikowanych w 1231 roku ustaw dla Sycylii. Konstytucja z 1224 roku to pierwszy pomnik prawa cesarskiego ustanawiający dla heretyków karę śmierci przez spalenie na stosie. Taką samą karę dla kacerzy przewidywała ustawa sycylijska.
Następny akt prawny contra hereticos wydał Fryderyk II w roku 1232. Normował on postępowanie przeciwko kacerzom na ziemiach niemieckich i zasługuje na uwagę po pierwsze z tego względu, iż sankcjonował karę śmierci dla heretyków, którą to już od dawna zwyczajowo stosowano, a po drugie przez wzgląd na fakt, iż ściganie kacerzy oddał prawie całkowicie w ręce inkwizytorów papieskich. Dotąd w konstytucji lombardzkiej do ścigania i sądzenia kacerzy powołani byli ordynariusze miejscowi, a według ustawy sycylijskiej ściganiem zajmowali się urzędnicy królewscy, podczas gdy władzom duchownym pozostawało orzekanie o winie.
W latach 1238 i 1239 powtórnie ogłoszono konstytucję „niemiecką” rozciągając jej moc obowiązującą na obszar całego cesarstwa oraz uzupełniając ją postanowieniami dotyczącymi konfiskaty majątków heretyków, oraz wyłączania ich dzieci od dziedziczenia, zawartymi w konstytucji koronacyjnej z 1220 roku.
Ustawy cesarskie Fryderyka miały przemożny wpływ na ustawodawstwo innych państw, a zasięg oddziaływania, jak i jego znaczenie świadczą o wysokim poziomie jurystów niemieckich oraz o ogólnoeuropejskiej potrzebie kodyfikacji prawa przeciwko heretykom.
Już pierwsza z konstytucji cesarskich z 1220 roku została zaaprobowana przez Honoriusza III i włączona jako uzupełnienie regulacji przeciwko heretykom do V tytułu pierwszej księgi kodeksu Justyniańskiego. O entuzjastycznym przyjęciu jej przez wspomnianego wyżej papieża świadczy dodatkowo fakt, że już w 1220 roku przesłał on ustawę do słynnego wówczas uniwersytetu prawniczego w Bolonii, gdzie miała być czytana i komentowana w czasie wykładów prawa. Król Ludwik X nadał tej konstytucji moc obowiązującą na terenie całej Francji w roku 1315, choć już wcześniej korzystano tam z ustawodawstwa cesarskiego zapośredniczonego przez bulle papieskie, które wyraźnie się na nie powoływały. Rozdziały konstytucji sycylijskiej zostały umieszczone również w kodyfikacji prawa czeskiego Maiestas Carolina Karola IV z 1346 roku, która choć nigdy nie weszła w życie, to jednak zwyczajowo była stosowana.
Znaczenie jakie zdobyły ustawy cesarskie w świecie chrześcijańskim zawdzięczały przychylnemu stanowisku Kościoła, który w konstytucjach znajdował oparcie w walce z herezją. Oprócz bowiem aprobaty wspomnianego wyżej Honoriusza III, Innocenty IV opublikował w bulli Cum adversus haereticam pravitatem z 1252, powtórzonej w 1254 roku tekst ustaw cesarskich z 1239 roku i nakazał miastom włoskim włączyć go do statutów miejskich i stosować w praktyce.
Bullę Cum adversus haereticam pravitatem ponawiali także następni papieże, Aleksander IV, Klemens IV i Bonifacy VIII, który w piśmie Ut inąuisitionis negotium wyraźnie aprobował konstytucje Fryderyka II przeciw heretykom, nadając im moc obowiązującą we wszystkich państwach chrześcijańskich.
Do recepcji konstytucji cesarskich przyczynili się walnie ci urzędnicy, w rękach których spoczywały kompetencje do walki z heretykami; byli to inkwizytorzy papiescy. Rozpowszechniali oni konstytucje w krajach nie należących do cesarstwa, poprzez rozciąganie mocy obowiązującej bulli papieskich na państwa ościenne. Przykładem takiego inkwizytora był Bernard Gui, autor jednego z najbardziej rozpowszechnionych podręczników: Practica inąuisitionis haereticae pravitatis. Radził on inkwizytorom, aby zawsze mieli oni przy sobie wyżej wspomnianą bullę Cum adversus haereticam pravitatem, a także by w razie wątpliwości odwoływali się do ustaw cesarskich.
Z momentem połączenia herezji z przestępstwem obrazy majestatu stała się ona zbrodnią „przeciwko dobru powszechnemu”. Status ten skutkował zmianą polityki karnej idącą w kierunku usprawnienia i skrócenia procedury. Tak zwany proces sumaryczny był w porównaniu z procedurą tradycyjną postępowaniem przyśpieszonym w tym względzie, że uproszczone było wszczęcie sprawy oraz ograniczone możliwości odwoławcze oskarżonego. Zmiany te motywowane były zapobieganiem praktykom prowadzącym do przewlekania procesu. Proces sumaryczny stosowano głównie w postępowaniu dyscyplinarnym prowadzonym przeciwko oskarżonym o herezje duchownym.
Na początku XIV wieku ukazały się dekretały papieskie: Saepe i Dispendiosam. Papież Klemens ustalił przebieg takiego procesu odnośnie do heretyków, mimo że już wcześniej był on stosowany przez inkwizytorów. Postępowanie można było wszcząć tylko na podstawie samego podejrzenia czy denuncjacji, a jako świadek mógł wystąpić każdy, z wyłączeniem śmiertelnych wrogów oskarżonego. Wolno było przesłuchiwać w sposób bolesny, to znaczy stosować tortury.
Instytucja świadków synodalnych (testes synodales) sięga początku XIII wieku. Podczas krucjaty przeciwko katarom we Francji polecano biskupom ustanowienie takich właśnie świadków, którzy mieli w gminach śledzić spotkania osób podejrzanych o herezję i donosić o tym władzom kościelnym. Świadkami tymi byli prawowierni, powszechnie szanowani mężczyźni, którzy przeważnie pełnili funkcje w niższych, świeckich instancjach sądowniczych i cieszyli się na danym terenie autorytetem. Do nich też wpływały skargi na niepożądane zjawiska. Zadaniem świadków synodalnych była ocena tego, które z nich należało potraktować poważnie, a które uznać za bezpodstawne. Uzasadnione przypadki przedstawiali oni sądom synodalnym.
W 1227 roku synod w Narbonne potwierdził uchwały awiniońskie i poszerzył je o postanowienie, iż ma być to instytucja stała i podporządkowana miejscowemu proboszczowi. Tak więc w każdej gminie istniało gremium złożone z 3 lub 4 mężczyzn, które śledziło tryb życia mieszkańców i było zobowiązane przekazywać informacje dotyczące herezji wyższym szczeblom sądownictwa kościelnego. W momencie zastąpienia inkwizycji biskupiej – papieską, pod jej jurysdykcje przeszli także świadkowie synodalni.
Postanowienia Soboru Laterańskiego IV przez Innocentego III w 1215 r. składały ciężar obrony Kościoła przed nieprawościami na barki biskupów. Należy przy tym pamiętać, że powołania na stolce biskupie w tamtych czasach częściej opierały się na koneksjach rodzinnych, czy po prostu wkupywaniu się na stanowiska, niż na kryteriach wykształcenia czy w szczególności na znajomości zasad wiary i prawa kanonicznego. Nie do rzadkości należały więc przypadki dochodzeń inkwizycyjnych rozstrzyganych przez biskupów, czy nawet arcybiskupów, które wobec zawiłości niuansów prawniczych i teologicznych odsyłane były na dwór papieski.
Wobec niewydolności sądów biskupich papiestwo musiało zastosować inne środki. Rozwiązanie przyjęte przez papieża Grzegorza IX było znane już z wcześniejszych, bo pochodzących z XI wieku kolekcji prawnych Anzelma z Lukki i kardynała Deusdedita. Zaproponowanym wyjściem z impasu była instytucja sędziów delegowanych. Byli to urzędnicy, którym papież powierzył część swojej władzy sądowej, aby go reprezentowali w przypadku rozstrzygania konkretnej sprawy lub przez konkretny okres na danym obszarze.